תיאוריות הענישה השונות הן גמול, הרתעה, מניעה, וטיפול - שיקום. לעיתים ניתן להטיל עונש להשגת כמה תכליות או כולן אך לעיתים קיימת התנגשות בין התכליות ואז העונש נקבע לפי מכלול הנסיבות, תנאי הזמן והמקום ותיאוריית הענישה המועדפת על השופט שתכריע האם יש להעדיף שיקולים ציבוריים או אישיים.
תיאוריית הגמול: קיימות מס' אסכולות. יש הסוברים שמוטלת על החברה חובה מוסרית מוחלטת להעניש את העבריין. העונש נקבע לפי חומרת העבירה ואין להפחית או להחמיר בעונש בשל שיקולים שונים. גישה נוקשה ודוגמטית זו אינה מקובלת עוד. יש הסוברים שהענישה באה להשיב את העיקרון המוסרי שנשלל.
גישה אחרת רואה בעונש כסיפוק בדרך משפטית ליצר הנקם של הקרבן ושל כל המזדהים עמו וע"י כך מניעת תביעת הסיפוק בדרך אלימה ואכזרית. למרות שכיום, הדעה הרווחת היא שהנקם הוא בלתי מוסרי ובלתי רציונאלי וביהמ"ש לא יבסס עונש על כך, יש לכך כמה תוצאות חיוביות בעניין שמירת החוק והסדר.
בתפישה הדתית ממלא העונש תפקיד של כפרת החטא וטיהור הנפש של החוטא. גם הפסיכולוגיה המודרנית מכירה בכך שלפעמים זקוק העבריין לעונש כדי להחזיר לעצמו את שיווי המשקל הנפשי שהתערער עקב רגשות אשם בשל ביצוע העבירה.
לאחרונה החלו שוב לראות את תכלית הגמול כחלק ממכלול הגורמים לקביעת העונש וכמטרה עיקרית במובן של הבהרה סמלית לאיסור החוקי וקיום הצדקה מוסרית לעונש.
תיאוריית ההרתעה: יש להבחין בין הרתעה מיוחדת שמשמעותה הרתעת העבריין הנענש מלעבור עבירות נוספות והרתעה כללית, שמשמעותה ענישת הנאשם כדי להרתיע עבריינים שבכוח מלעבור עבירות דומות או אחרות.
הענישה הפלילית כפופה לכמה מגבלות בסיסיות, הנובעות בחלקן מעקרונות המוסר והצדק ובחלקן מתוך השקפות הומינטריות המקובלות על הציבור. לכן, גם ענישה שמרתיעה תהיה פסולה אם היא תהא מנוגדת לעקרונות הצדק והיושר או לטעמים הומינטריים.
תכלית הטיפול והשיקום: כיום, שיקומו וחינוכו של העבריין מודגש לעומת תכליות ענישה אחרות. חסידי אסכולת הטיפול טוענים שגישת העונשין אינה דרושה אלא גם מניבה לעיתים תוצאות הפוכות ויש להתרכז בדרכי חינוך והסברה, שהינן התכלית הרצויה לחברה. אולם, אין כיום הבנה מלאה של ההתנהגות העבריינית ושל הטיפול בה. בנוסף, מניעת ענישה תמנע הרתעה מעבריינים בכוח. הטיפול לא יכול לשמש כתכלית יחידה במדיניות הענישה. חלק מהעבריינים לא היה מתאמץ כלל לקבל טיפול מתאים אלמלא יראת העונש. בנוסף, ההרשעה והעונש עשויות לגרום לעבריין הלם ולהראות לו שהמעשה שעשה הוא חמור ובלתי חברתי.
תכלית המניעה: שלילת האפשרות מן העבריין לחזור ולעבור עבירות. ההצדקה למניעה היא הגנה על הציבור. המניעה שלעצמה אינה יכולה לשמש סיבה יחידה להטלת העונש. ואין עונשים אלא אם עבר האדם עבירה, ולעולם העונש יהיה יחסי לחומרת העבירה שאותה עבר הנאשם.